El club debió jugar la promoción de descenso ante el Sevilla F. C., perdiendo por 0-2 en El Madrigal y 1-0 en Sevilla, camiseta uruguay despidiéndose así de la Primera División. En la temporada 1999-2000 el club acaba en la tercera posición de Segunda División, tras C. A. Osasuna y la U. D. Las Palmas, logrando así volver a la máxima categoría del fútbol español; ésta fue la primera temporada en la cual ascendieron directamente los tres mejores clasificados de Segunda en detrimento de los tres peores de Primera.
