En la campaña siguiente concluye 15.º y el Villarreal disputó su primera competición internacional: la Copa Intertoto, que daba una plaza en la Copa de la UEFA, cayendo en una de las finales ante el Málaga C. F.. Sin embargo, en verano de 2004 el Villarreal vuelve a ganar la Copa Intertoto, clasificándose por segundo año para la Copa de la UEFA. En esa temporada el Villarreal acabó 8.º en liga y alcanzó las semifinales de la UEFA, perdiendo la eliminatoria ante su vecino y finalmente campeón Valencia C. F..
