Así, os animamos a prepararos para uno de los mayores acontecimientos del fútbol mundial y a sumaros al festival de colores y camisetas de los equipos que pelearán por ser el mejor equipo de Europa. El siguiente paso en la búsqueda del boleto a la Libertadores fue la Copa Pre Libertadores disputada ante el Necaxa y los equipos venezolanos Estudiantes de Mérida y Universidad de Los Andes Fútbol Club. En 2008 hubo un intento de revivir la confrontación entre los clubes de estas dos ciudades con el ascenso del club Indios de Ciudad Juárez, otro conjunto actualmente desaparecido. Por segunda vez consecutiva Monterrey asistió a la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en su edición 2012, en su papel de Bicampeón continental de América del Norte, Centro y Caribe. A raíz de la desgracia, todos los clubes del fútbol mexicano se solidarizaron con el Monterrey y le cedieron jugadores sin cobrar por la transferencia. A lo largo de su historia el Newcastle no ha sido un equipo que dominaba el país pero ha tenido jugadores destacados como: Jimmy Lawrence, Shay Given, Alan Shearer, Kevin Keegan, Nolberto Solano y Michael Owen.
Monterrey tuvo el honor de ser el único representante mexicano en la Copa Libertadores 1999 convirtiéndose en el tercer equipo mexicano de la historia en disputar la Copa Libertadores solo después de América y Guadalajara. En Cuartos de final venció 1-0 al América en casa, pero en el Azteca fue goleado 4-1 y eliminado. Mientras tanto en el Clausura 2011 el equipo clasificó a la liguilla como séptimo general en búsqueda del bicampeonato, sin embargo fue eliminado en cuartos de final por Pumas, quien a la postre sería campeón. A pesar de todo, en la Copa del Generalísimo repitió cuartos de final, fase en la que cayó en un partido de desempate contra el Sevilla. Por otra parte el tema del descenso seguía latente, puesto que apenas había pasado un año del partido decisivo frente al Puebla y no se habían conseguido los puntos suficientes para salvarse. En su partido de despedida celebrado el día 14 de diciembre, el CF Monterrey logra ganar por marcador de 3-2 al Espérance de Túnez, campeón de África, salvando así el quinto lugar de la competición mundial.
Tras haber pasado a la liguilla y ya con Víctor Manuel Vucetich en el banquillo, Monterrey se encontraba en el quinto lugar de los 8 equipos ya clasificados. En la 82-83, con el mexicano Vicente Pereda en el timón, el Monterrey terminó en el lugar 18 de la tabla general y se salvó de descender en la penúltima fecha. Tocaría entonces el turno de enfrentar al equipo de Santos Laguna quien había clasificado a la liguilla como tercero de la tabla general. Durante el torneo verano 99 el club mantuvo una lucha intensa contra el Puebla por no caer al último lugar de la tabla de porcentajes. En la jornada diecisiete Monterrey se enfrentó al Puebla en un encuentro que resolvería que equipo iría a la categoría inferior. La victoria de Osasuna frente a la Real Sociedad y la derrota por 4-2 del Real Oviedo consumaba el descenso de categoría.
El 9 de mayo de 1999 es recordado por los aficionados a la Pandilla como un día angustiante, pues se estuvo muy cerca de perder la categoría. Tras una 2.ª vuelta muy irregular, el día 2 de mayo, el conjunto verdiblanco, consigue hacerse con el derbi sevillano por 1-2 en el Estadio Ramón Sánchez Pizjuán, con dos goles de falta de Beñat Etxebarria. Fue entonces que Ramón Cárdenas Coronado, quien suplió en la presidencia del equipo a Enrique Ayala Medina, anunció su reestructuración, sin embargo el equipo desapareció. Resto del Plantel: Román Ramírez (portero); Antonio González, Álvaro Fuentes, Mario y José de la Fuente, Armando y Enrique Rivas, y Daniel Mora (defensas); Cuauhtémoc Vargas, Francisco Romero y Missael Espinoza (mediocampistas); Juan Antonio Flores Barrera (delantero). Durante el transcurso del torneo Rayados se vio en la necesidad de cesar a su director técnico, el señor José Treviño, un hombre hecho en la institución pero que no arrojo buenos resultados. Durante la 81-82 entró al quite el uruguayo Héctor Hugo Eugui, volvieron a ser décimos, pero clasificaron de manera milagrosa en la última fecha del torneo. El segundo torneo oficial corto en el cual participaron 20 equipos, llamado Torneo México 86 dado que en ese torneo se jugaría el Mundial, el equipo fue conformado por jugadores de la cantera rayada con algunos refuerzos extranjeros de calidad.