Tiene dos franjas horizontales, de igual tamaños ambas franjas, pero arriba el verde y abajo el blanco contrario a la Bandera del Departamento de Antioquia. La Bandera de Atlético Nacional está conformada por dos colores, el Verde y el Blanco. En la Copa Libertadores conformó el grupo 6 al que se le denominó «grupo de la muerte», ya que lo jugó con: Grêmio, Newell’s Old Boys y Nacional de Montevideo. En los noventas, exactamente durante la Copa Libertadores 1995, pareció repetirse la historia, pues Nacional volvió a eliminar a Millonarios en cuartos de final, pero esta vez el equipo Verde quedó subcampeón del torneo. En ese mismo año el equipo quedó clasificado para disputar la Copa Sudamericana 2005 contra el Atlético Nacional. Para 1999, el equipo verde doblegó 1-0 a Independiente Medellín logrando así disputar la gran final de ese año contra el América de Cali que a la postre ganó Nacional.
El 26 de mayo se confirmó la salida del técnico Juan Carlos Osorio, siendo el técnico más ganador en la historia del club hasta ese momento. En la Copa Libertadores de 1989 la rivalidad nació después de la eliminación del club bogotano en cuartos de final a manos de Atlético Nacional y que fue campeón más tarde. El máximo goleador de Atlético Nacional en estos encuentros es Víctor Aristizabal con 14 goles. Es el partido que enfrenta a los dos principales equipos del Valle de Aburrá y propiamente los únicos clubes profesionales de la ciudad de Medellín: Atlético Nacional e Independiente Medellín. El verde y el blanco han sido los colores insignia del uniforme de Atlético Nacional en toda su historia. En 1990 y 1992, América se consagró campeón y dejó a Atlético Nacional subcampeón y en 1991 y 1999 se produjo lo contrario, ya sea por enfrentamientos directos o por posición en los cuadrangulares. La mascota de Atlético Nacional es un tigre llamado Nacho, este fue inspirado en un mito paisa que habla sobre los tigres que rondaban a los ancestros antioqueños en sus jornadas de trabajo en las montañas. La última final en la que se encontraron fue en la de la Superliga de 2018; oportunidad en que Millonarios obtuvo el título derrotando a Atlético Nacional por 2:1 en el partido de vuelta.
Para el Finalización, Atlético Nacional logró su segundo bicampeonato, se clasificó a la final contra el Deportivo Cali. En 2002, América se coronó campeón del Apertura venciendo en la final a Atlético Nacional y dando la vuelta en el estadio Atanasio Girardot. En 1994, con un gol agónico de Juan Pablo Ángel, Atlético Nacional se coronó campeón de Colombia cuando disputaban la última fecha del cuadrangular final. Nacional derrotó a Independiente del Valle por 1-0 con gol de Miguel Borja al minuto 9 coronándose campeón de América por segunda vez en su historia luego de 27 años. El equipo logró salir campeón de la Copa Colombia al derrotar a Once Caldas. Su último campeonato lo logró el 17 de noviembre de 2016 frente a Junior en la ciudad de Barranquilla, tras ganarle ambos compromisos, estos por Copa Colombia y quedar un global de 3-1 completando así 26 títulos. 9 de noviembre de 2014. Está ubicado en el Coliseo de Lucha de la Unidad Deportiva al interior del estadio Atanasio Girardot.
El 27 de julio el equipo se jugó el partido de vuelta en el Estadio Atanasio Girardot. Para destacar el hecho de que Nacional se convirtió en el primer equipo en la historia de los torneos cortos, que logró un título de visitante sin haber ganado de local el primer partido de la final. Santos, quien ganó hasta su quinto partido dirigido en la jornada 12 ante Pachuca, al finalizar el torneo los «Guerreros» terminaron con 17 puntos, solo por encima de Monterrey por diferencia de goles. 6-2 en el Estadio Francisco Rivera Escobar ante el América. 2004-II al caer ante Junior. 2004-II. Franco Armani fue figura atajando dos penales a Sebastián Viera y Jhonny Vásquez. La C. D del centro cuyo sello figura al pie se dirige a Vos. Centro de Alto Rendimiento: está ubicado en Guarne, Antioquia. También se cuenta con un gimnasio alterno, en donde se inician las pre-temporadas y también trabajan jugadores lesionados en su proceso de recuperación, igualmente es el centro administrativo del club.
En 1989 y 1990, el club solo vuelve a ganar la zona de Lima, equipacion tottenham mientras que 1991 y 1992 fueron temporadas que pasaron desapercibidas. En las cuatro temporadas siguientes al último ascenso, el equipo combinó diversas posiciones en torno a la mitad de la tabla. Está compuesto de cuatro salas principales. Armada de España había retirado, el S-63 Marsopa, de 58 metros de eslora y más de 1000 toneladas, fuera cedido a la ciudad de Villarreal para instalarlo en la población e incluso ubicar un museo en su interior. Actualmente las directivas tienen un gran proyecto para tener un museo fuera del estadio. También en el transcurso del Apertura 2011 jugó en Envigado, Itagüí y Cúcuta debido a sanciones y mejoras del estadio donde actuaba naturalmente. En el Torneo Apertura hizo una campaña irregular, terminó sexto en la fase de todos contra todos, luego fue eliminado en cuartos de final por el Deportivo Cali 4-3 en el global.